Depende. A princípio, não. Se seu dinheiro é depositado em sua conta e o banco lhe impede de sacar, é ilegal. Mas, se você está com a conta estourada, além dos limites ali estabelecidos, o salário quando depositado é encarado como um depósito qualquer. Pode ser usado para amortizar as dívidas em conta sim. Outra situação são os empréstimos cosignados, regulamentados em 2004. Se vc assina um contrato deste, o Banco pode sim reter a parte referente a prestação do empréstimo (que deverá ser limitada a 30%).
Olha, não sei qual a sua situação, mas as maneiras mais fácil de resolver esses tipos de pendências são:
1- renegociar com o banco, repactuar prazos e taxas, tornando possível vc pagar o que deve, sem grande impacto no seu orçamento.
2- se não for possível ou aceitável a primeira opção , conversar no rh de sua empresa e solicitar outra forma de pagamento de salário, que não o depósito em conta.